在河道治理中，水泵的合理配置应遵循以下程序：首先，根据用户对流量和扬程的需求，确定供水系统和水头损失，然后根据这些参数选择合适的水泵。接着，根据水泵的轴功率，合理配置电动机。电动机功率应根据水泵的流量和扬程来选择，以实现高效的水泵运转。最后，根据用户的需求选择适当的水管和其他配套设施，确保整个系统的合理配置。